Jeziorko Czerniakowskie ma powierzchnię ok. 19,5 ha. Jest największym naturalnym zbiornikiem wodnym na terenie Warszawy. Ma ok. 1780 m długości i 100–180 m szerokości. Średnia głębokość to 2,5 m, a maksymalna – 3,75 m. Odpływ wód odbywa się krytym kanałem uregulowanym zastawą na ul. Wolickiej.
Jeziorko stanowi fragment Warszawskiego Obszaru Chronionego Krajobrazu (Dz. Urz. Woj. Maz. Nr 42/14.02.2007 r., poz. 870). W 2017 na jego brzegach mieszkało 60 gatunków ptaków, w tym 49 objętych całkowitą ochroną (m.in. bączek zwyczajny i wąsatka znajdujące się w czerwonej księdze gatunków zagrożonych). W wodach żyło 67 gatunków bezkręgowców (m.in. skójki i szczeżuje).
Od wielu lat problemem jest obniżanie się poziomu wody w jeziorze, do czego przyczyniają się m.in. obniżenie się i odsunięcie koryta Wisły oraz budowa wałów przeciwpowodziowych na Łuku Siekierkowskim, naruszenie kierunku spływu wód gruntowych przez system kanalizacyjny osiedla przy ul. Bernardyńskiej, utwardzenie terenu zlewni jeziora zaburzające tempo zasilania wodami opadowymi oraz sąsiedztwo Elektrociepłowni Siekierki. Z badań przeprowadzonych przez naukowców ze Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego wynika, że od lat 60. XX wieku poziom wody w jeziorze obniżył się o ok. 1 metr.