W 1651 roku zmarł jego ojciec. Większość majątku pozostawała w obcych rękach, majątki zaś na Rusi i Wołyniu były zniszczone przez wojnę i zadłużone.
Początkowo znalazł się pod opieką biskupa wrocławskiego i płockiego królewicza Karola Ferdynanda Wazy, który tym samym miał się odwdzięczyć za pomoc, jaką rzekomo udzielił mu Jeremi w czasie starań o tron polski w 1648 roku. Przebywał w rezydencji biskupów płockich w Broku, pobierając nauki u jezuitów. Prawdopodobnie po śmierci biskupa-protektora (9 maja 1655), przeszedł pod pieczę swego wuja, wówczas podczaszego koronnego, a z czasem wojewody sandomierskiego Jana Sobiepana Zamoyskiego, który dzięki swojej zamożności mógł mu zapewnić dalszą edukację. Wuj oddał go na dwór królewski Jana Kazimierza, gdzie Michał zyskał ogólną życzliwość i przychylność. Trudno orzec, czy wynikała ona z cech charakteru, czy ze względu na pamięć jego ojca.
W czasie potopu szwedzkiego wraz z parą królewską schronił się na zamku Oppersdorffów w Głogówku koło Prudnika na Śląsku. 18 listopada 1655 na polecenie króla Jana Kazimierza wyjechał do Nysy. Przebywał tam co najmniej do marca 1656 roku, pobierając nauki w Kolegium Jezuickim Carolinum.