Mieczysław Rakowski wspominał, że uczył się w szkole podstawowej w Paulinie, gdzie do wybuchu II wojny światowej ukończył cztery klasy. Rodzina Rakowskich mieszkała 40 km od granicy polsko-niemieckiej. Krótko po wybuchu wojny rodzina podjęła próby ucieczki. 10 września wóz Rakowskich został zatrzymany przez Wehrmacht. Maria Rakowska z dziećmi wróciła do Kowalewka, Franciszek Rakowski zaś chwilowo ukrył się w okolicach Ostrowca Świętokrzyskiego. Ze względu na to, że majątek Rakowskich przejęli Niemcy, rodzina zatrzymała się na pobliskiej plebanii. Na początku października 1939 roku Franciszek Rakowski wrócił do Kowalewka, 16 października został zamordowany. Zdaniem Mieczysława Rakowskiego, jego ojciec został skazany na śmierć za krytykowanie Adolfa Hitlera latem 1939 roku.
W 1940 roku Maria Rakowska wraz z Mieczysławem przeprowadzili się do Poznania, siostra Barbara zamieszkała u krewnych w okolicach Wągrowca. Podczas wojny Maria Rakowska pracowała w stołówce poznańskiej zajezdni tramwajowej. Po ukończeniu czternastego roku życia Mieczysław Rakowski podjął pracę jako goniec w sklepie spożywczym przy ulicy Grunwaldzkiej w Poznaniu, później pracował w Zakładach Naprawczych Taboru Kolejowego w Poznaniu. W okresie okupacji niemieckiej nie chodził do żadnej szkoły.