Walory przyrodnicze Rezerwat bogaty jest w faunę wodną i nadwodną. W latach poprzedzających powołanie rezerwatu stwierdzono tu 25 gatunków ryb (stanowi to 22% wszystkich znanych w Polsce gatunków). Wśród blisko 120 gatunków ptaków najcenniejsze były zimorodki, jaskółki brzegówki, kilka gatunków dzięciołów. Na terenach łąkowych występują derkacz, pustułka i srokosz. W okresie przelotów na rozlewiskach zatrzymują się dzikie gęsi i łabędzie. W ostatnich latach wzrosła liczebność tracza nurogęsi i żurawia. Coraz częściej pojawia się bielik. Ze ssaków na uwagę zasługują wydry. W okolicach Dłużewa występuje rzęsorek rzeczek, zębiełek białawy, ryjówki i kilka gatunków nietoperzy. Na wilgotnych łąkach pospolity jest nornik północny.

W wodach rezerwatu rosną rdestnice, grążele żółte i grzybienie białe. W nadrzecznych łęgach licznie występują przebiśniegi, złoć, kokorycz i pierwiosnek lekarski.

Obecnie fauna przyujściowej części rezerwatu jest nadal dość słabo poznana;