Trytony zostały przewiezione do Muzeum Wodociągów i Kanalizacji na terenie Stacji Filtrów, gdzie zaginęły.
Zgodnie z projektem przebudowy Placu Zamkowego w ramach niezrealizowanego planu Pabsta, Kolumna Zygmunta miała zostać zastąpiona wielką statuą germańskiej bogini zwycięstwa.
Pomnik został zniszczony podczas powstania warszawskiego, w nocy z 1 na 2 września 1944. Posąg króla upadł jednak na ziemię w taki sposób, że nie uległ poważniejszym uszkodzeniom. Utrącone zostały tylko część przedramienia lewej ręki z krzyżem oraz szabla. Z pozostałych elementów monumentu wykonanych z brązu zaginęły: orły z girlandami, tablica umieszczona podczas konserwacji za czasów Augusta III Sasa oraz dwie tablice z cokołu – zachodnia i północna. Uszkodzoną rzeźbę przewieziono na saniach do kościoła św. Anny. Wiosną 1945 została ona pokazana na wystawie Warszawa oskarża w Muzeum Narodowym.
Formalnie inicjatorami odbudowy pomnika byli pracownicy przemysłu metalowego, do których przyłączyły się związki zawodowe przemysłu budowlanego, ceramicznego i pokrewnych oraz chemicznego. W lutym powołano Komitet Odbudowy, na którego czele stanął Henryk Golański. Projekt odbudowy kolumny opracował Stanisław Żaryn.