Projekt wywołał konflikt Władysława IV z nuncjuszem Mariem Filonardim. Największe protesty nuncjusza wzbudziło umieszczenie na kolumnie posągu króla (osoby świeckiej). Zgodnie z tradycją tego rodzaju wywyższenie było bowiem dotąd zarezerwowane dla Matki Boskiej, Chrystusa i świętych.
Kolumnę przetransportowano do Warszawy Wisłą. Z przystani została przetoczona, prawdopodobnie ul. Mostową, i dalej wzdłuż murów obronnych na plac, w ciągu jednego dnia przez około 300 osób. Wspierało ich 200 żołnierzy z gwardii królewskiej.
Pomnik został uroczyście odsłonięty 24 listopada 1644 roku.
XVII–XIX wiek Kolumna została uszkodzona w czasie wojen szwedzkich w latach 1656–1657 i na początku XVIII wieku. Przechodziła kilka renowacji. Pierwszą w 1743 przeprowadził Franciszek Dąbrowski. Następną, w 1810, pod nadzorem grupy architektów wykonał Józef Boretti. mały|Posąg Zygmunta III Wazy W 1827 otaczające kolumnę ogrodzenie z żelaznych krat zmieniono na kamienne słupy połączone żelaznymi łańcuchami. W 1854, w związku z budową wodociągu, Henryk Marconi zaprojektował tam wodotrysk i nową oprawę pomnika. Podstawa kolumny została otoczona żeliwną balustradą i ozdobiona czterema tryskającymi wodą trytonami zaprojektowanymi przez niemieckiego rzeźbiarza Augusta Kissa. Zostały one odlane z cynku w warszawskiej fabryce Karola Juliusza Mintera.