2 września, po dużych spadkach notowań, Zbigniew Religa zrezygnował jednak z ubiegania się o ten urząd, udzielając poparcia kandydatowi Platformy Obywatelskiej Donaldowi Tuskowi. Później został przewodniczącym komitetu honorowego lidera PO.
Od 31 października 2005 do 14 lipca 2006 sprawował urząd ministra zdrowia w rządzie Kazimierza Marcinkiewicza, a następnie w rządzie Jarosława Kaczyńskiego (od 14 lipca 2006 do 7 września 2007 i od 10 września 2007 do 16 listopada 2007). Od 7 do 10 września 2007 był natomiast sekretarzem stanu w Ministerstwie Zdrowia. Jako minister zdrowia przeforsował wprowadzenie tzw. podatku Religi, w ramach którego ubezpieczyciele wykonywali ustawowy obowiązek przekazywania Narodowemu Funduszowi Zdrowia opłaty ryczałtowej w wysokości 12% składki z każdej polisy OC. Środki te miały być przeznaczone na finansowanie kosztów leczenia ofiar wypadków drogowych. Podatek ten został zniesiony z dniem 1 stycznia 2009.