Podwyższono także wieżyczki na sygnaturkę na skrzyżowaniu naw oraz flankujące transept i prezbiterium. W 1484–1498 przekształcono pozostałą bazylikową część nawy na hale z rozszerzeniem naw bocznych. Od 1485 przy budowie pracował architekt Hans Brandt – z jego udziałem wzniesiono korpus nawowy.
thumb|left|Sklepienia korpusu nawowego W 1498–1502 przekryto świątynię sklepieniami gwiaździstymi, sieciowymi i kryształowymi, które konstruował Henryk Hetzel. 28 lutego 1502 wprawiono w sklepienie ostatni zwornik. Światło do wnętrza świątyni wpada przez 37 ogromnych okien różnej wielkości, w tym tylko 2 z (nowymi) witrażami. Dzięki umieszczeniu przypór we wnętrzu uzyskano między nimi duże przestrzenie, w których urządzono 29 kaplic.
W 1518 roku z inicjatywy ówczesnego proboszcza, Maurycego Ferbera, przy kościele powstała plebania w stylu wczesnego renesansuPlebania Bazyliki Mariackiej..