Budowę świątyni rozpoczęto równocześnie z dwóch stron – wschodniej i zachodniej. Niektóre fragmenty dawnej, ceglanej budowli zachowały się w murach obecnej hali. Od zachodu wzniesiono niską, dwukondygnacyjną wieżę-dzwonnicę, opiętą masywnymi przyporami. Na przedłużeniu naw bocznych przylegały do wieży dwie kaplice. Wysokość wieży została podyktowana warunkami postawionymi przez Krzyżaków, którzy nakazali, aby nie przekraczała wysokości wieży dawnego zamku. Dawny kościół miał najprawdopodobniej formę trójnawowej bazyliki, z sześcioprzęsłowym korpusem nawowym, którego nawa główna sięgała około 27 metrów. Nie wiadomo, jak wyglądało pierwotne prezbiterium ze względu na przemiany w kolejnych fazach budowlanych. Przypuszcza się, iż miało formę trójnawową, również bazylikową, o prostym zamknięciu. Już od początku budowy pieczę nad nią sprawowali gdańscy mieszczanie, jednak w przeciwieństwie do innych far w większych hanzeatyckich ośrodkach miejskich, prawa gdańskich mieszczan były podporządkowane restrykcjom Zakonu, dlatego też kształt świątyni był niezgodny z ambicjami mieszkańców Głównego Miasta.