We wrześniu 1939 roku Modliborzyce zostały dwa razy zbombardowane (8 i 15 września 1939). W wyniku nalotów zginęło około 87 osób, a większa część zabudowań została zniszczona. W 1940 roku do Modliborzyc przywieziono z Wiednia około 1200 Żydów. Na skutek biedy część z nich zmarła z głodu. W październiku ludność żydowska została przewieziona do Zaklikowa, a stamtąd do obozu zagłady w Bełżcu. Również w 1940 r. na terenie miejscowości powstały pierwsze komórki konspiracyjnej Polskiej Organizacji Zbrojnej. Rozwijała ona swą działalność do 26 sierpnia 1942 r., kiedy to po jej wykryciu Niemcy spacyfikowali Modliborzyce. W latach następnych w okolicy aktywnie działały oddziały BCh, AK, GL i ALHenryk Gawarecki, Józef Marszałek, Tadeusz Szczepanik, Włodzimierz Wójcikowski: Lubelszczyzna. Przewodnik, Wydawnictwo "Sport i Turystyka", Warszawa 1979, s. 264-265. 5 października 1943 roku Modliborzyce przez kilka godzin znajdowały się w ręku oddziałów Gwardii Ludowej – „Lemiszewskiego” Karola Lemichow – Herzenberga i „Grzybowskiego” Władysława SkrzypkaJózef Bolesław Gargas „Oddziały Gwardii Ludowej i Armii Ludowej 1942 – 1945” Wydawnictwo MON 1971 str 183.. Zniszczyły one wyposażenie Urzędu Gminy, poczty i mleczarni. W marcu 1944 roku oddział NOW AK Ojca Jana zaatakował posterunek granatowej policji.