Skutkiem tego była budowa synagogi przed rokiem 1690. Przemarsz jedenastu chorągwi wojska w 1697 roku poczynił duże szkody w mieście. Następnie w 1706 roku w Modliborzycach stacjonowały oddziały rosyjskie, które także negatywnie wpłynęły na miasto.
W XVII wieku miejscowość kilkakrotnie zmieniała właścicieli. Pierwszym z nich była rodzina Nahoreckich. Następnie Samuel Nahorecki podzielił Modliborzyce pomiędzy swoje córki Teofilę i Teresę. Poprzez śluby, następnymi współwłaścicielami miasta zostali: Wojciech Wiercieński (drugi mąż Teofili), oraz Antoni Doliński (trzeci mąż Teresy). Z czasem pomiędzy rodzinami wybuchł spór i po wielu procesach sądowych jedynymi właścicielami miasta zostali Dolińscy. Ponieważ Antoni Doliński nie posiadał syna, w 1811 roku dziedzicem Modliborzyc został jego bratanek Feliks Doliński (sędzia Trybunału Lubelskiego, poseł na sejm). Ostatnimi właścicielami miasta zostali bracia Gorzkowscy (Edmund i Władysław).
Duże szkody w Modliborzycach wyrządziły dwa pożary: w 1804, a następnie w 1841 roku. Kilka lat później w 1855 roku w mieście wybuchła epidemia cholery która zdziesiątkowała mieszkańców.