Po pierwsze, nie wykazuje się tak jednoznacznego połączenia genetycznego między powstawaniem geosynkliny a gór fałdowych. Osady gromadzą się w zagłębieniach terenu (a więc i w basenach oceanicznych) bez względu na to, czy zostaną kiedyś wciągnięte w procesy orogenezy.
Po drugie, większą rolę w powstawaniu gór przypisuje się obecnie anormalnym fragmentom skorupy oceanicznej – dużym prowincjom magmatycznym, strefom subdukcji, w niewielkim stopniu również górom wulkanicznym itp. Wg tektoniki płyt znaczna część osadów włączana tradycyjnie w zakres geosynkliny ulega subdukcji, choć w pewnym zakresie – zwłaszcza dla osadów miogeosynkliny – skały te mogą zostać włączone w proces górotwórczy (np. Karpaty).
Warto jednak dodać, że mimo wszystko nie uległo przekreśleniu jedno z głównych założeń teorii geosynkliny: to, że w basenach oceanicznych gromadzą się osady, które mogą zostać później wypiętrzone i utworzyć pasmo górskie.