Ten z kolei sprzedał Łętownię za 85 węgierskich florenów żupnikowi krakowskiemu, a zarazem wójtowi myślenickiemu, Mikołajowi Jordanowi. Jordan wystawił we wsi prywatną kaplicę, której istnienie dało podstawy do podjęcia przezeń w 1488 r. starań o oderwanie się parafii w Łętowni od Pcimia, co przeprowadzono 10 listopada 1492 r. dekretem kardynała Fryderyka Jagiellończyka, mimo sprzeciwu Błażeja, plebana pcimskiego. Do nowej parafii należą wsie: Tokarnia, Węcierza, Skomielna Czarna, Naprawa, Wysoka, Bystra, Toporzysko, Chrobacze (dziś część Jordanowa), Malejowa (dziś w granicach Jordanowa), Skomielna Biała, Zaryte, Rdzawka, chwilowo Rabka, Spytkowice i Jordanów. W 1504 r. Aleksander Jagiellończyk potwierdził nadanie wsi Mikołajowi Jordanowi. W 1539 r. Łętownię przejął syn Mikołaja – Wawrzyniec Spytek Jordan. Na przełomie XV i XVI w. właścicielem Łętowni był Kacper Zebrzydowski, żonaty z Anną, córką Wawrzyńca Spytka Jordana.
Według inwentarza dóbr koronnych z dnia 11 maja 1643 r. w Łętowni było: 27 kmieci, 24 zagrodników, 11 zarębników, 50 komorników. Czynne były dwa młyny.