ze strony ośrodkowego układu nerwowego: napady drgawkowe (zwłaszcza u dzieci pod postacią drgawek gorączkowych, najczęstsze powikłanie neurologiczne grypy) encefalopatia (drugie pod względem częstości powikłanie neurologiczne grypy) zespół Guillaina-Barrégo splątanie, nasilenie zmian otępiennych u osób starszych zapalenie mózgu lub zapalenie opon mózgowych ostre rozsiane zapalenie mózgu i rdzenia
ze strony innych narządów: ostre zapalenie ucha środkowego zapalenie mięśni rabdomioliza ostra niewydolność nerek zapalenie spojówek zaostrzenie lub dekompensacja różnych chorób przewlekłych (np. cukrzycy, padaczki) sepsa
zespół Reye’a (w przypadku podawania kwasu salicylowego) U kobiet w ciąży w przebiegu choroby częściej występują powikłania. Grypa u kobiety ciężarnej (szczególnie ciężka) wywołuje zwiększone ryzyko jej niekorzystnego zakończenia (zagrożenia życia płodu, w tym także poronienia), a noworodka naraża na wystąpienie niskiej masy urodzeniowej.