Po jej upadku zmuszony został do ponownego wyjazdu do USA, gdzie kontynuował wydawanie swego pisma. Rozpoczął szeroko zakrojoną akcję polityczną na rzecz niepodległości Irlandii. Zniechęcony jednak brakiem oficjalnego poparcia, zdecydował się na wyjazd do Kanady w 1857, gdzie stał się jedną z czołowych postaci irlandzkiej emigracji politycznej. Rozpoczął wydawanie nowego pisma New Era, które stało się forum irlandzkiej kultury w Kanadzie. Z czasem też odstąpił od swej proamerykańskiej polityki, stając się kanadyjskim patriotą. Pozostając wydawcą pisma włączył się w politykę jako liberał. W 1858 wszedł do rządu George’a Browna, a w 1862 – do koalicyjnego rządu Macdonalda. Z czasem też dołączył do partii konserwatywnej. Szczytem jego kariery politycznej była funkcja ministra rolnictwa, emigracji i statystyki w rządzie konserwatywnym utworzonym w 1863.
McGee był jednym z pierwszych, którzy wysunęli koncepcję Konfederacji. Był jej niestrudzonym orędownikiem w swoim piśmie. Był także propagatorem rozwoju kolejnictwa oraz utworzenia autonomicznej prowincji dla Indian kanadyjskich. Wziął udział w konferencji w Charlottetown oraz w Quebecu. Ze względu na swą antybrytyjską przeszłość nie został jednak zaproszony na konferencję londyńską.