W 1595 roku wieś położona w powiecie szczyrzyckim województwa krakowskiego była własnością kasztelana małogojskiego Sebastiana LubomirskiegoWojewództwo krakowskie w drugiej połowie XVI wieku ; Cz. 2, Komentarz, indeksy, Warszawa 2008, s. 108..
W okresie II wojny światowej Kobyle zajmowali Niemcy. W 1939 roku przypuszczając, że front walk będzie posuwał się od Tarnowa w kierunku Węgierskiej Górki, przystąpili do budowy umocnień. Fortyfikacje obronne budowane były w południowej części wsi, równolegle do głównej drogi. Do budowy umocnień Niemcy używali drzewa z masowo wycinanych lasów w północnej części wsi. Prace przy budowie trwała do końca wojny. By zapewnić sobie siłę roboczą założyli obóz pracy. Zlokalizowany był on na łąkach po lewej stronie drogi od Wiśnicza, około 500 m. od miejsca gdzie obecnie stoi tablica z nazwą wsi. W około 20 prowizorycznych barakach przetrzymywani byli jeńcy przywożeni z łapanek. W 1945 roku rosyjskie wojska wkroczyły na teren Kobyla wypierając armię niemiecką.