W 1446 roku Falęcin stała się wsią należącą do królów polskich. W 1505 roku król Aleksander Jagiellończyk przekazał wieś biskupom chełmińskim. Nastąpił jednak konflikt, ponieważ wcześniej Falęcin należał do rodziny Głuchowskich. Z powodu braku przekazania stosownych dokumentów królewskich, biskupi nie zwrócili sumy zastawu dla Głuchowskich. Spór rozwiązał Zygmunt I Jagiellończyk wystawiający dwa dokumenty potwierdzające własność miejscowość dla Głuchowskich. Późniejszymi właściciele wsi byli: Łukasz Głuchowski (1570 r.), Falęcki (1697 r.), Kruczyński, Wolski (1755 r.), Rutkowski (1789 r.), Szydłowski (1794 r.) i Piniński (1802 r.).
Pierwszy spis mieszkańców Falęcina pochodzi z roku 1773. Wieś wtedy liczyła 140 osób (wśród nich byli: Wawrzyniech Michałowski, Łukasz Wiśniewski, Marcin Krajewski, karczmarz Bartosz Kłosowski, młynarz Wojciech Jalkowski, kowal Jerzy Gorzkowski i owczarz Mateusz Kurkowski). W 1789 roku w Falęcinie znajdował się wiatrak i karczma, a sama miejscowość liczyła 15 dymów. Pod koniec XIX wieku wybudowano w Falęcinie pałac, który przebudowano w latach 1915-1920. W 1885 roku wieś liczyła 360 mieszkańców (292 katolików i 68 ewangelików), w 1910 roku 348 mieszkańców.