Od początku wieku XIV najbliższa okolica stanowiła obszar zainteresowań gospodarczych rodu Toporów, których własność między innymi w częściach wsi Dubie i w pobliskich Pisarach poświadczona jest od schyłku XIV stulecia. W latach 1397–1409 z Dubia i Pisar pisał się chorąży krakowski Żegota herbu Topór.

Na przełomie XV i XVI w. na Rudawce w zbudowano dwa młyny: Chechło i Dupp. W 1528 r. Dubie były w posiadaniu Seweryna Bonera, później Katarzyny Tęczyńskiej-Bonerowej i jej drugiego męża Stanisława Barziego.

Nocą, 2 lutego 1929 r., temperatura powietrza spadła do -42 °C. Była to najzimniejsza noc w historii polskiej meteorologiiNa podstawie tablicy informacyjnej zamontowanej przy Kopalni Dolomitu w Dubiu.

Na terenie miejscowości istnieje Kopalnia Odkrywkowa Dolomitu Dubie w wąwozie Zbrza. Znajduje się też najstarsze w regionie krakowskim skały osadowe ze środkowego dewonu, które są odsłonięte na powierzchni ziemi.

W 1995 r. w Dubiu w Dolinie Racławki kręcono sceny do filmu Dwa światy, a wiosną 2004 w kamieniołomie do filmu Vinci.