Wydarzenia Marca 1968 wywołały reakcje na PWr: protest przeciw represjom po warszawskich demonstracjach, 48-godzinny strajk okupacyjny i trzydniowy bojkot zajęć. W konsekwencji tego ostatniego rektor zdecydował o skreśleniu 1553 osób z listy studentów (na ponad 9000 studiujących), ale komisje odwoławcze pozytywnie rozpatrzyły większość odwołań od tej decyzji. Echem marcowych wydarzeń była demonstracja studentów, głównie z PWr, podczas wrocławskiego pochodu pierwszomajowego 1968. Wskutek interwencji służb porządkowych i decyzji dyscyplinarnych z politechniki relegowano 82 osoby.
Pod koniec 1968 r. przeprowadzono dużą reorganizację struktury uczelni. Łącząc zlikwidowane katedry o zbliżonym profilu, utworzono 29 samodzielnych instytutów (z instytutowymi zakładami) pod nadzorem rektora, luźno związanych z wydziałami (tak jak w przypadku pierwszych czterech instytutów stworzonych w 1963 r.). 11 wydziałów (w tym trzy nowe: Górniczy, Inżynieryjno-Ekonomiczny i Podstawowych Problemów Techniki), pozbawionych wewnętrznych katedr, sprowadzono do roli organizatorów procesu dydaktycznego.
Pod koniec lat 60. i w latach 70.