Reakcją policji na ataki była największa akcja policji w dotychczasowej historii Niemiec. Od 1 do 7 lipca 1972 roku ujęta została większość przywódców organizacji, w tym Baader, Ensslin, Meinhof, Holger Meins i Jan-Carl RaspeTerroryzm w Europie Zachodniej, s. 77.. Liderzy RAF-u zostali oskarżeni o zabójstwa i skazani na kary dożywotniego pozbawienia wolności. Początkowo więźniów osadzono w kilku zakładach karnych, następnie wszyscy zostali przeniesieni do więzienia w Stammheim. Wobec terrorystów zastosowano zaostrzone środki bezpieczeństwa i niemal pełną izolację. Narzekając na izolację i domagając się przyznania statusu jeńców wojennych, aktywiści trzykrotnie podjęli się strajku głodowego. 9 listopada 1974 roku w następstwie protestu zmarł Meins. Zgon wywołał protesty ze strony radykalnej lewicy. 10 listopada 1974 roku w odwecie za śmierć Meinsa zabity został Günter von Drenkmann, przewodniczący sądu w Berlinie Zachodnim. Mordercami byli anarchiści z Ruchu 2 CzerwcaTerroryzm w Europie Zachodniej, s. 79..
Śmierć głodowa Meinsa przyczyniła się do rozluźnienia rygoru izolacji, jakim objęci byli więźniowie z RAF. Umożliwiło to kontakty osadzonych więźniów i przebywających na wolności terrorystów. Pośrednikami w relacji byli adwokaci terrorystów: Horst Mahler i Terroryzm, s. 74..
„Druga generacja” thumb|Budynek ambasady niemieckiej w Sztokholmie