Z powodu sprzeciwu protestantów z Gdańska, nie mogli skorzystać z kościoła mariackiego, dlatego Zygmunt wraz ze świtą przybył 7 października 1587 do Oliwy, gdzie w obecności kilkudziesięciu dostojników podpisał pacta conventa, po czym podskarbi pruski Jan Dulski (w zastępstwie nieobecnego marszałka wielkiego koronnego Andrzeja Opalińskiego) ogłosił go królem.
Król Zygmunt III powrócił na okręt, by następnego dnia przybyć do Gdańska, skąd 20 października wyruszył do KrakowaSkoczylas M. M. Historia medycyny a potencjał turystyczny Nadpilicza Środkowego. W: red. Magowska A., Pękacka-Falkowska K., Owecki M. Wybrane problemy historii medycyny. W kręgu epistemologii i praktyki. Poznań: Wydawnictwo Kontekst, 2020, s. 53-75. .Szujski J. Historyi polskiej treściwie opowiedzianej ksiąg dwanaście, Poznań: Wydawnictwo Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk. 2005 (pierw. 1880), s. 228.. W Krakowie zjawił się 9 grudnia witany przez biskupa kamienieckiego Wawrzyńca Goślickiego.
Sejm koronacyjny zebrał się 10 grudnia. 27 grudnia 1587 w katedrze wawelskiej Zygmunt został koronowany na króla Polski przez arcybiskupa gnieźnieńskiego i prymasa Polski Stanisława Karnkowskiego.