Korzeń jest palowy z krótkimi korzeniami bocznymi.
Naturalnie odnawia się słabo, co niektórzy botanicy uznają za proces naturalny, cechujący gatunki reliktowe o słabnącej sile życiowej. Upatrują tego w stopniowym ubożeniu zmienności genetycznej populacjiKrzysztof Fronczak: O cisie [w:] "Przyroda Polska" nr 11 (990), listopad 2020, s. 4-5, co związane jest zapewne z bardzo rozproszonym występowaniem cisów.
Szczególnie trudno odnawia się w drzewostanach liściastych z grubą warstwą nierozłożonych liści (bukowych, dębowych) na dnie lasu - tak próbuje się tłumaczyć niedostatek odnowień naturalnych m.in. na terenie znanego rezerwatu przyrody Cisy Staropolskie im. Leona Wyczółkowskiego w Wierzchlesie w Borach Tucholskich.
Sądzi się, że kluczowe znaczenie dla sukcesu reprodukcyjnego ma stopniowanie dostępu światła: w początkowej fazie rozwoju siewki nie potrzebują go wiele, jednak w miarę wzrostu rośliny jej wymagania w tym zakresie stale rosną. Głównym zagrożeniem dla młodych roślin jest zgryzanie przez zwierzynę płowąKrzysztof Fronczak: Póki nie będzie za późno, w: "Przyroda polska" nr 5 (948), maj 2017, s. 4-5.