W 1930 roku stanowisko dyrektora Instytutu objął Max Horkheimer, który zasadniczo zmienił kierunek jego badań. Badania w instytucie pod jego rządami w mniejszym stopniu koncentrowały się na historii ruchu robotniczego, a w większym stopniu na integracji wysiłków badawczych różnych nauk społecznych. Horkheimer przyjął za główną ideę programu współpracę nauk szczegółowych, zwłaszcza socjologii, ekonomii politycznej, historii i psychologii, pod przewodnictwem refleksji filozoficznej. Problemy i pytania badawcze miały być formułowane przez filozofię społeczną, rozumianą jako teoria społeczeństwa. Od 1931 roku Instytut wydawał pismo „Zeitschrift für Sozialforschung”, w latach 1939–1941 dostępne również w Stanach Zjednoczonych w angielskim tłumaczeniu.
W 1933 roku, po tym jak władze w Niemczech zdobyli naziści, instytut został zlikwidowany jako „instytucja wrogo nastawiona do państwa”, a jego pracownicy zwolnieni. Władze hitlerowskie były wrogo nastawione do marksizmu a większość uczonych związanych z instytutem było pochodzenia żydowskiego. Pracownicy instytutu udali się na emigrację, wyjątkiem był Karl August Wittfogel, który pozostał w Niemczech, został aresztowany i osadzony w obozie koncentracyjnym (później wyjechał do USA).