Najwyższą instancję sądową Okręgu Gdańsk-Prusy Zachodnie stanowił Wyższy Sąd Krajowy (Oberlandesgericht), którego prezesem był dr Walter Wohler. Jego okręg sądowy obejmował okręgi sądów krajowych (Landesgericht): gdańskiego, bydgoskiego, toruńskiego, grudziądzkiego i chojnickiego. W 1939 powołano jeszcze dodatkowo sądy specjalne (Sondergericht) w Bydgoszczy (10 września) i Gdańsku (24 listopada). Kolejne sądy specjalne zainstalowano później w Toruniu, Grudziądzu, a w 1942 dodatkowo w Chojnicach. Sądy specjalne rozpatrywały sprawy o przestępstwa polityczne. Szczególnie ponurą sławę zdobył sobie zwłaszcza bydgoski Sondergericht, którego zadaniem było „ukaranie” Polaków podejrzewanych o udział w krwawym stłumieniu niemieckiej akcji dywersyjnej w mieście, która miała miejsce w pierwszych dniach kampanii wrześniowej (3-4 września 1939).
Obok wspomnianych sądów karnych i cywilnych funkcjonował jeszcze IV Sąd SS i Policji w Gdańsku, którego zwierzchnikiem był pomorski Höhere SS und Polizeifūhrer. Sąd ten rozpatrywał wszystkie sprawy, w których oskarżonymi byli funkcjonariusze SS i policji.