Prowincja składała się z trzech rejencji (podzielonych z kolei na powiaty): Rejencji gdańskiej (Regierungsbezirk Danzig); Rejencji bydgoskiej (Regierungsbezirk Bromberg); Rejencji kwidzyńskiej (Regierungsbezirk Marienwerder).
Najwyższą władzą administracyjną był urząd namiestnika, składający się z działu centralnej administracji i siedmiu wydziałów. Administracją na szczeblu rejencji kierował prezes rejencji (Regierungspräsident) podlegający pod względem personalnym i rzeczowym namiestnikowi. Na czele administracji powiatu wiejskiego stał starosta (Landrat), a powiatu miejskiego – burmistrz (Bürgermeister). Zazwyczaj każdy z nich był jednocześnie szefem lokalnej komórki NSDAP.
W zakresie ustroju i prawa dekret z 8 października przewidywał, że na obszarach włączonych do Rzeszy istniejące prawo polskie pozostanie nadal w mocy pod warunkiem, że nie stoi ono na przeszkodzie włączeniu tych ziem do państwa niemieckiego. Jednocześnie minister spraw wewnętrznych Rzeszy w porozumieniu z właściwymi ministrami został upoważniony do wprowadzenia prawa niemieckiego lub pruskiego prawa krajowego. Uznano więc zasadę, że prawo niemieckie wchodzi w życie wtedy, gdy uprawnione do tego władze, działające w interesie Rzeszy, tak postanowią.