Od VII wieku Masada nie była zasiedlona.
Wykopaliska Miejsce położenia Masady ustalono w roku 1842, a zakrojone na szeroką skalę prace archeologiczne prowadzono w latach 1963–1965. Prowadził je archeolog izraelski Jigael Jadin. Zasadnicze znaleziska pochodzą z okresu panowania Heroda i powstania żydowskiego.
Główne odkryte obiekty to Pałac Zachodni z salą tronową i salą przyjęć, z zachowanymi częściowo malowidłami i mozaikami, jedną z najstarszych i największych na Bliskim Wschodzie łaźni, zbudowaną wedle wzorów rzymskich (z podgrzewaną wodą), Wielki Pałac Północny, a także łaźnia rytualna (mykwa) i najstarsza znana synagoga z obszaru Palestyny, zbudowana przez Heroda, z kamiennymi siedziskami dodanymi przez zelotów. Na terenie łaźni znaleziono monety z roku 66, strzały, srebrne płytki z pancerza, fragmenty odzieży, a także kilka szkieletów obrońców, co w znacznym stopniu potwierdza relację Józefa Flawiusza. W magazynach znaleziono ponadto rozbite naczynia gliniane, służące do przechowywania zapasów.