Z kolei najwcześniejsze dzieje słoni z rodzaju Loxodonta nie są dobrze poznane. Zwierzęta te na początku zasiedlały tylko tereny leśne, gdzie szczątki ulegają szybkiemu rozkładowi. Przez większą część plejstocenu nie wytrzymywały konkurencji ze stepowymi Elephas. Najwcześniejszy znany gatunek to Loxodonta adaurora. Od niego pochodzą Loxodonta exoptata i Loxodonta atlantica, będący prawdopodobnie bezpośrednim przodkiem dzisiejszych słoni afrykańskich. Po wymarciu słoni Elephas w Afryce, słonie Loxodonta africana zajęły wolną niszę ekologiczną i zasiedliły sawanny. Loxodonta cyclotis, czyli słoń leśny, pozostał w pierwotnych leśnych siedliskach do czasów obecnych.
Niepewna jest pozycja filogenetyczna przedstawicieli rodzaju Palaeoloxodon w obrębie rodziny Elephantidae. Analizy filogenetyczne uwzględniające cechy budowy szkieletu wykazują ich bliższe pokrewieństwo ze słoniem indyjskim niż z przedstawicielami rodzaju Loxodonta. Jednakże oparta na danych molekularnych analiza filogenetyczna przeprowadzona przez Meyera i współpracowników (2017) wykazała bliższe pokrewieństwo Palaeoloxodon antiquus z przedstawicielami rodzaju Loxodonta niż ze słoniem indyjskim;