W 1990 został zastępcą dowódcy Wojsk Rakietowych i Artylerii MON, a w 1991 rozpoczął służbę w Sztabie Generalnym Wojska Polskiego w Warszawie. Początkowo zajmował stanowiska zastępcy szefa Zarządu Operacyjnego i szefa Zarządu Operacyjnego. Od 1992 do 1996 kierował Zarządem I Operacyjno-Strategicznym. W 1998 został pełnomocnikiem ministra obrony narodowej ds. utworzenia Wielonarodowego Korpusu Północno-Wschodniego. W 1999 objął stanowisko zastępcy dowódcy Wielonarodowego Korpusu Północno-Wschodniego w Szczecinie. W latach 2000–2006 był dowódcą Wojsk Lądowych. Brał udział w przygotowaniu narodowej doktryny obronnej i polskiej części programu Partnerstwo dla Pokoju, uczestniczył w pracach nad reorganizacją Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej.
Służba dyplomatyczna W 2007 prezydent Lech Kaczyński mianował Pietrzyka ambasadorem nadzwyczajnym i pełnomocnym Rzeczypospolitej Polskiej w Republice IrakuPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 5 kwietnia 2007 r. nr 110-23-2007 w sprawie mianowania Ambasadora Rzeczypospolitej Polskiej ().. 3 października 2007 został poważnie ranny w wyniku zamachu terrorystycznego na ulicach Bagdadu. Pomocy polskiemu ambasadorowi udzielili ludzie z Blackwater, za co zostali odznaczeni medalami. W zamachu zginął osłaniający go funkcjonariusz BOR Bartosz Orzechowski.