Hibernujące nietoperze budzą się co jakiś czas spontanicznie, aby napić się wody, załatwić pilne potrzeby fizjologiczne, czy też zmienić miejsce pobytu. Blisko 90% zgromadzonego tłuszczu zużywane jest podczas zimy tylko na takie przebudzenia. Podniesienie temperatury ciała do temperatury normalnej aktywności wiąże się z koniecznością wydatkowania znacznej, jak na tak małe zwierzę, ilości energii. Sygnałem do nadprogramowego przebudzenia może być nagły wzrost lub spadek temperatury otoczenia, hałas, dotyk, światło czy podmuch powietrza. Jeśli dodatkowe przebudzenia spowodują wyczerpanie się zapasów tłuszczu przed nastaniem wiosny, kończy się to śmiercią głodową zwierzęcia.
Pożywienie Większość gatunków nietoperzy żywi się owadami, ale są również gatunki mięsożerne, roślinożerne i owocożerne. Niektóre rośliny (np. mango, dzikie bananowce, kakaowiec właściwy, niektóre kaktusowate) są nawet zapylane przez nietoperze spijające ich nektar. Trzy gatunki nietoperzy z Ameryki Południowej odżywiają się krwią ptaków i ssaków.