Badania genetyczne dowiodły, że trąbowce są spokrewnione blisko z brzegowcami (Sirenia) i góralkowcami (Hyracoidea). Nieoczekiwanie odkryto powiązania molekularne z innymi grupami rdzennie afrykańskich ssaków, takimi jak ryjkonosowe (Macroscelidea) i rurkozębne, czyli mrówniki (Tubulidentata). Łącznie z kilkoma innymi wymarłymi już rzędami ssaków łączy się je w oddzielny klad Afrotheria.
Systematyka Obecnie do rzędu trąbowców należy jedna występująca współcześnie rodzina. Systematyka na podstawie Mammal Diversity Web i Hesperomys: Podrząd: Elephantiformes Tassy, 1988 Infrarząd: Elephantimorpha Shoshani, Golenberg & Yang Hong, 1998 Parvordo: Elephantida Shoshani, Golenberg & Yang Hing, 1998 Rodzina: Elephantidae – słoniowate
Opisano również rodziny wymarłe: Amebelodontidae Barytheriidae – baryteria Choerolophodontidae Deinotheriidae – deinoteria Gomphotheriidae – gomfotery Hemimastodontidae Mammutidae – mastodonty Moeritheriidae Numidotheriidae Palaeomastodontidae Phiomiidae Stegodontidae