W latach 1940–1941 wraz z księdzem Stanisławem Bełchem wydawał pismo „Jestem Polakiem”, będące trybuną dla środowisk narodowych, niezadowolonych z polityki Sikorskiego. Na jego łamach wystąpił z krytyką rządu za jego dążenie do podpisania układu z ZSRR. Uważał Sikorskiego za człowieka słabego, którego kariera oparta była na kontaktach z czynnikami zagranicznymi i który premierem rządu polskiego na wychodźstwie został pod naciskiem rządu francuskiego.
15 lutego 1943 w ukazującym się nielegalnie w Wielkiej Brytanii piśmie „Walka” Doboszyński ujawnił tzw. notę Wołkowa z 16 stycznia 1943 roku informującą, iż wszyscy mieszkańcy ziem polskich zagarniętych w 1939 roku, zostają obywatelami radzieckimi i opatrzył ją listem otwartym do prezydenta Władysława Raczkiewicza i gen. Kazimierza Sosnkowskiego, w którym nawoływał do obalenia Sikorskiego. Za opublikowanie listu Doboszyński został przejściowo aresztowany, a następnie wydalony z wojska, a wydawca pisma „Walka”, Zygmunt Przetakiewicz, został skazany na 7 miesięcy więzienia.