Odkodowanie obrazu nazywane jest rekonstrukcją. Jądrem rezonansowym najczęściej wykorzystywanym w obrazowaniu RM jest proton – jądro atomu wodoru mające niezerowy moment magnetyczny i występujące powszechnie w cząsteczkach wody zawartej w obiektach biologicznych.
Zastosowania thumb|Aparat do badań rezonansem magnetycznym Diagnostyka medyczna Obrazowanie za pomocą rezonansu magnetycznego nie wymaga użycia potencjalnie szkodliwego promieniowania rentgenowskiego. Jest szczególnie przydatne do wykrywania zmian chorobowych w tkankach zasłoniętych kośćmi, co wykorzystuje się do badania mózgu, mięśni i serca.
Metoda ta pozwala na badanie całego ciała. W diagnostyce klinicznej rezonans magnetyczny stosowany jest między innymi w rozpoznawaniu: stwardnienia rozsianego, urazów mózgu, tętniaków naczyń mózgowych, uszkodzeń rdzenia kręgowego, guzów nowotworowych, torbieli przegrody przezroczystej, chorób zwyrodnieniowych układu kostno-stawowego.