Nazwa była później notowana także w formach Wilksin (1178), Wilczin (1201), Wilesin (1202), Vilksino (1202), de Wilxin (1216), Wylkzin (1218), de Wilkzin (1227), Wilcsino (1244), Wilschin (1286, 1287), Wilksin (1320, 1324), Wikenow (1335), Wilxin (1337), Wilkxin (1353), Wilxin (1363), Wilxen (1438), Wilxen (villa) (1666-67), Wilxen (1743), Wilxen (1795), Wilxen, auch Oberwilxen (1845), Wilxen, sl. Wilesin (1887), Wilczyn, Wilxen (1896), Wilczyn, Vilxen (1900), Wilxen (1919, 1934, 1941), Wilczyn (1945), Wilkszyn (1947).
Jest to nazwa dzierżawcza, która została utworzona od nazwy osobowej Wilksza przez dodanie przyrostka -in. Po objęciu miasta przez polską administrację w 1945 roku stosowano nazwę przejściową Wilczyn, która została później zastąpiona urzędową formą Wilkszyn.
Integralne części wsi +Integralne części wsi Wilkszyn SIMC Nazwa Rodzaj0877536 Miłoszyn przysiółek