Nie obroniła tytułu z Gold Coast w styczniu 2002, pokonana w finale przez Venus Williams. W Australian Open przedostała się do ćwierćfinałów, uzyskując swój najlepszy rezultat w tej odsłonie Wielkiego Szlema. Przegrała w dwóch setach z Clijsters. Doszła do finałów w Antwerpii i Amelia Island – w obydwu przypadkach tytuł przypadł w udziale starszej z sióstr Williams. W maju w Berlinie odniosła Henin jeden z największych sukcesów w dotychczasowej karierze, wygrywając zmagania pierwszej kategorii w Berlinie. W dwóch ostatnich meczach okazała się lepsza od Capriati i Sereny Williams. Było to pierwsze zwycięstwo Henin nad Sereną i jednocześnie trzecia porażka Amerykanki w tym sezonie. Tydzień później Williams wzięła jednak rewanż w Rzymie, triumfując nad Belgijką w finale i wygrywając całe zawody bez straty seta.
Henin przystąpiła do French Open jako jedna z faworytek i sensacyjnie poległa w pierwszej rundzie w konfrontacji z Anikó Kapros (179 WTA), wynikiem 6:4, 1:6, 0:6. Na kortach Wimbledonu awansowała do półfinału, pokonując Seles i ulegając ponownie Venus Williams. W październiku wygrała turniej w Linzu bez straty seta i zakwalifikowała się Mistrzostw WTA, w których udział zakończyła na ćwierćfinale porażką z Clijsters.