W 1847 r. przybył do Bańskiej Szczawnicy, gdzie objął posadę profesora oraz kierownictwo katedry matematyki, mechaniki i fizyki na tamtejszej Akademii Górniczej. Uzyskał jednocześnie tytuł Cesarskiego Radcy Górniczego z wysoką, odpowiadająca temu tytułowi pensją. W ciągu krótkiego czasu zwiększył znaczenie stagnującej od 14 lat katedry przez poniesienie poziomu nauczania (m.in. wprowadzając wykład matematyki wyższej), sam też zyskał uznanie i poważanie wśród studentów. Niestety, po rewolucji marcowej w 1848 r. i odejściu znacznej liczby studentów i wykładowców (niemieckich i czeskich) do Wiednia znaczenie placówki upadłoJán Fekete: Doppler v Banskej Štiavnici [w:] „Krásy Slovenska” R. LV, nr 1/1978, s. 41.
Ponieważ w niespokojnym okresie Wiosny Ludów na Akademii z braku studentów prawie nie odbywały się zajęcia, Doppler poświęcił się głównie pracy naukowej. Jednocześnie złożył podanie o przeniesienie do Wiednia, dokąd przeprowadził się wraz ze swoją rodziną z początkiem 1849 r. W roku 1850 cesarz Franciszek Józef powołał go na stanowisko dyrektora Instytutu Fizyki Uniwersytetu Wiedeńskiego. Został tam pierwszym profesorem fizyki doświadczalnej. Doppler podczas pracy jako profesor opublikował ponad 50 prac naukowych z fizyki, matematyki i astronomii.