Wody mały|lewo|Mała Elektrownia Wodna na Dunajcu Przez Waksmund przepływa rzeka Dunajec, która jest prawym dopływem Wisły. Stan wód rzecznych i podziemnych zmieniają się okresowo, zależą od natężenia opadów i temperatury powietrza. Maksimum wiosenne wywołane jest roztopami śniegu, a letnie dużymi opadami deszczu. Najniższy poziom wód obserwowany jest w okresie jesienno-zimowym. Dunajec jest rzeką o zasilaniu śnieżno-deszczowym więc i brak opadów powoduje opadanie stanu wody, a obfite deszcze – powodzie. Duże wezbrania wód Dunajca występują średnio co 4–6 lat, a groźne co 8–10 lat. Największa powódź nawiedziła Waksmund w 1934 roku. Poziom wody wzrósł o 367 cm, a wzrost fali wyniósł 30 cm/godz. Wieś była 4 dni pod wodą, na Podhalu zalana była powierzchnia 5100 ha. Ostatnia powódź, w 1997 roku była bardzo gwałtowna, ale trwała krócej. Wyrządziła bardzo duże szkody. Została zalana większość wsi o jednego „brzyzku” do drugiego, czyli stromych obniżeń od strony Gorc i południowej, stanowiące granice starorzecza Dunajca. Pod wodą były cała „Zawoda” – ul. Długa, okolice kościoła z ul. Nadwodnią i Kościelną, cześć cmentarza, prawie cała Rówień i ulica Nowotarska od ul. Kościelnej w stronę Ostrowska. Były też lokalne podtopienia spowodowane przez potoki i niewydolną kanalizację burzową.