Ukształtowanie terenu Waksmund leży w najszerszej części Kotliny Orawsko-Nowotarskiej. Główną cechą rzeźby terenu jest występowanie form akumulacyjnych przeobrażonych erozyjnie. Teren pofałdowań kenozoicznych tzw. alpidów. Skały osadowe pochodzące z ery kenozoicznej, okresu trzeciorzędowego, oligocenu i eocenu. Są to głównie łupki i piaskowce oraz w niewielkie mierze piaski, iły i margle z holocenu powstałe w wyniku sedymentacji fliszowej. Na wysokości ok. 650–700 m n.p.m. zalegają utwory neogeńskie. W okresie najstarszego zlodowacenia Tatr (Mindel) zasypanie kotliny sięgało 70–90 m nad korytem Dunajca. Z okresu tego przetrwały żwiry jedynie na Waksmundzkiej Górze. W drugim okresie glacjalnym (Riss) zasypanie kotliny było mniejsze, pozostałością jest masa skalno-osadowa ciągnąca się od Waksmundu do Łopusznej. Od strony północnej znajdują się Gorce. Główną cechą rzeźby górskiej są promieniście rozbiegające się grzbiety i doliny od Turbacza. Dolne stoki nad Waksmundem posiadają gęsty zespół wcisów. Jest to teren o wysokości między 500 a 700 m n.p.m., pagórkowaty.
Gleby Na terenie wsi i w jej pobliżu występują gleby bielicowe, brunatne, a po obu stronach Dunajca mady.