W czasie II wojny światowej Waksmund stanowił jeden z najważniejszych w Małopolsce i na Podhalu ośrodków ruchu oporu wobec okupanta niemieckiego, a później komunistycznego. Gorczańskie lasy stanowiły dla waksmundzkich partyzantów znakomite schronienie i punkt wypadowy. Podczas okupacji niemieckiej wieś była dwukrotnie krwawo pacyfikowana. Miejscem tortur i kaźni wielu mieszkańców wsi stał się budynek szkolny. Tutaj bowiem Niemcy prowadzili przesłuchania partyzantów i ich rodzin. 27 lutego 1943 r. wszyscy uczniowie szkoły zostali przymusowo wyprowadzeni na egzekucję dwóch członków Konfederacji Tatrzańskiej. Na oczach dziatwy szkolnej zostali rozstrzelani Michał Garbacz i Jan Waksmudzki.
W 1966 r. parafia w Waksmundzie dzięki decyzji ks. abp. Karola Wojtyły otrzymała pełnię prawa. W latach 1999–2004 nastąpiła rozbudowana kościoła.
W 2014 r. na miejscu starej szkoły powstał plac z pomnikiem upamiętniającym ofiary niemieckiej okupacji.