W 1581 r. wchodziła w skład majątków starostwa lanckorońskiego z siedzibą na zamku lanckorońskim. Należała wówczas do parafii w Rudniku. Płacono w niej wówczas podatki od łanu sołtysiego, jednego łanu kmiecego, 3 komorników z bydłem, 2 komorników bez bydła, 2 rzemieślników, 14 zarębników (bez roli) i 150 owiec. W 1619 r. zbudowano w niej murowany kościół. Do parafii w Trzebuni należeli później również wierni z położonych po drugiej stronie Pasma Koskowej Góry Więciórki i Zawadki. Pod koniec XIX w. w Trzebuni było 287 domów z 1664 mieszkańcami, z czego 1659 było rzymskimi katolikami a 5 żydami. Działała szkoła ludowa. Część gruntów wiejskich, w tym m.in. 62 morgi roli i 519 morgów lasu, należała wówczas do klucza myślenickiego, którego właścicielką była Cecylia, księżna Lubomirska.
+Integralne części wsi Trzebuniaczęści wsi Balinkowa, Błachutówka, Burtanowa, Bylicówka, Chorwatówka, Ciusiowo, Dziubkowa, Gorylowo, Grabkowo, Hodurkowo, Jaroszowo, Kęsoniowa, Kowalikowo, Kowalowa, Kuligowo, Leśniczówka, Ligęzy, Łatasówka, Matlakówka, Młynarczykówka, Orawinowo, Pabisówka, Skrzeczkowa, Stopkowo, Sufletowa, Wnękowa,