Karol IX początkowo nie czynił nic, aby zakończyć rzeź, ale dzień po rozpoczęciu masakry wydał rozkaz zaprzestania zabijania, co jednak zostało zignorowane. Gwizjusze starali się zaprzestać masakry, a katolicki książę Henryk udzielił nawet azylu 100 kalwinom. 25 sierpnia Karol IX sporządził listę kalwinów, którym miano zapewnić ochronę, zaś dwa dni później stwierdził przed parlamentem, że „wszystko to zrobione zostało wyraźnie na jego polecenie”, a Coligny i jego stronnicy są winni zdrady. Mimo wszystko wydaje się, że król nie był specjalnie zainteresowany przerwaniem masakr. Dopiero 30 sierpnia wydał bardziej zdecydowane rozkazy, grożąc karą śmierci za mordowanie hugenotów, pomimo tego, w niektórych miejscach dalej dochodziło do napadów.
Liczba zamordowanych jest przedmiotem badań i dyskusji, amerykański historyk Warren H. Carroll, ocenił, że zginęło 2 tys. protestantów w Paryżu i 3 tys. poza nim, co razem daje 5 tys. ofiarCarroll W.H., Historia Chrześcijaństwa Tom IV, Bielany Wrocławskie: Wektory, 2011, 397-398.. Zdarzają się jednak wyliczenia wskazujące na wyższą liczbę ofiar.