II wojna światowa We wrześniu 1939 miejscowość została zajęta bez walki przez oddziały niemieckie i słowackie. W niemieckiej administracji okupacyjnej większość stanowisk zajmowali Ukraińcy, a ludność polska była szykanowana. W miasteczku w czasie okupacji znajdował się punkt zborny dla Żydów z bieszczadzkich wsi, m.in. Soliny, Wołkowyi, Zawozu. Jesienią 1942 Niemcy dokonali zagłady miejscowych Żydów, wywożąc i mordując w Zasławiu koło Sanoka 880 osób. Niemcy dokonywali również licznych egzekucji na cmentarzu żydowskim Żydów i Polaków. Został tu rozstrzelany Franciszek Wronowski z Zawozu oraz ukrywane przez niego żydowskie rodziny Wajnerów i Nagielbaumów.
Istniał tu ruch konspiracyjny; działała placówka AK Baligród nr VII, której dowódcą od maja 1943 do 1944 był Jan Marciak ps. „Dąb”.
30 lipca 1944Stanisław Żurek, Banderowska legenda o Baligrodzie. oddział UPA zamordował w lesie pod Baligrodem 11 mieszkańców Średniej WsiGrzegorz Motyka, W kręgu Łun Bieszczadów, s. 55.. 6 sierpnia 1944 miasteczko zostało napadnięte przez sotnię UPA „Burłaki”;