Z biegiem czasu coraz znaczniejszy odsetek ludności miasta stanowili Żydzi. Pierwszych żydowskich mieszkańców w Baligrodzie odnotowano w 1604. W 1765 w Baligrodzie mieszkało 144 Żydów. W 1785 w Baligrodzie mieszkało 400 Żydów. W 1808 roku kahał posiadał już łaźnię i szpital. W 1870 roku mieszkało w miasteczku 147 rodzin żydowskich, liczących 435 osób. W latach 1870–1898 właścicielem dóbr baligrodzkich, oraz pobliskich folwarków w Bystrem, Cisnej, Huczwicach, Mchawie, Rabem i Stężnicy był Żyd Hersz Grossinger. Po jego śmierci majątek przejęli synowie Lazar i Chaim.
Gmina żydowska posiadała synagogę, cmentarz i szkołę wyznaniową.
W połowie XIX wieku właścicielem posiadłości tabularnej w Baligrodzie byli Emilia Abgarowicz (spadkobierczyni Karśnickiego) i Leopold Łysakowski. W 1870 miejscowa gmina żydowska usamodzielniła się (wcześniej żydowscy mieszkańcy Baligrodu byli członkami gminy w Lesku). Według spisu z 1921, miejscowość miała 179 domów i 1260 mieszkańców (w tym 515 religii mojżeszowej, a 281 greckokatolickiej). Żydzi zdominowali w tym okresie życie gospodarcze osady.