Historia thumb|left|Zamek Starostów Muszyńskich Powstanie i rozwój Muszyny związane są z pobliskim pograniczem oraz z przebiegającym wzdłuż doliny Popradu starym szlakiem handlowym zwanym „węgierskim”. Pierwszą wzmiankę o tej osadzie spotykamy w akcie nadania z 1209 roku, w którym król węgierski Andrzej II zezwala na pobieranie cła nad rzeką Poprad koło Muszyny proboszczowi Adolfowi ze spiskiej kapituły św. Marcina. W tym czasie osada należała do rodu Niegowickich herbu Półkozic. lewo|mały|Dwór Starostów Muszyńskich, ul. Antoniego Kity Nazwa Muszyna przypuszczalnie pochodzi od potoków, nad którymi było położone miasto. Wilgoć sprawia, że brzegi potoków i rzeczne kamienie porastają mchami. Łacińskie słowo musci – „mchy”, a być może jego odpowiednik w języku wołoskim (por. rum. muschi), dały nazwę zarówno Muszynie, jak i położonej nad tym samym potokiem wiosce Muszynce. Inne hipotezy wywodzą nazwę tej miejscowości od przydomka biskupa krakowskiego Jana Muskaty.
W 1288 miejscowość zostaje zapisana w testamencie przez Wysza, scholastyka kapituły krakowskiej, biskupom krakowskim. W XIV w. król Władysław Łokietek na skutek zatargu z biskupem Muskatą przyłączył te ziemie do królewszczyzny. Przez następnych 80 lat posiadali je kolejni władcy Polski.