Wieś znacznie ucierpiała w czasie I wojny światowej. Od stycznia do początku maja 1915 znajdowała się na linii frontu (jako tzw. ziemia niczyja). Rosjanie zajmowali wzgórza po wschodniej stronie doliny Sękówki: Zagórz (507 m) i Wierszek (582 m). Oddziały austro-niemieckie miały pozycje na stokach pasma Oboczy (627 m) i Huszczy (581 m). Rano 2 maja 1915 – pierwszego dnia „bitwy gorlickiej” – oddziały 11 Bawarskiej Dywizji Piechoty zaatakowały Rosjan (3 Armia gen. Radko Dimitriewa). Zaciekłe walki, w wyniku których Niemcy zajęli pierwszą linię Rosjan, trwały do wieczora, przy ogromnych stratach obu stron. Pozostały po nich w Sękowej 2 cmentarze wojenne (w całej dolinie Sękówki – 7 cmentarzy).
Do II wojny światowej Sękowa była najdalej na południe wysuniętą wsią o ludności polskiej w dorzeczu Sękówki.
Świątynia p. w. św. Filipa i św. Jakuba w Sękowej została w 2003 wpisana na listę światowego dziedzictwa Kulturowego UNESCO, jako „Drewniane kościoły południowej Małopolski – Binarowa, Blizne, Dębno, Haczów, Lipnica Murowana, Sękowa”.