Po śmierci Dosta (1863) emirem został jego syn, Szer Ali, który rozpoczął negocjacje z Rosjanami oraz odmówił przyjęcia brytyjskiej misji. Zaniepokoiło to Wielką Brytanię, której wojska w 1878 ponownie wkroczyły do Afganistanu. Szer Ali szukał pomocy u Rosjan, ale ci wsparli go jedynie radą, aby zawarł pokój. W 1879 roku Szer Ali zmarł. Nowym emirem został jego syn, Jakub Chan, który zastosował się do rosyjskiej rady. Zawarł z Brytyjczykami porozumienie, na podstawie którego zrzekł się przełęczy Chajber oraz innych strategicznych obszarów. Wkrótce potem zabity został brytyjski wysłannik, na co Brytyjczycy odpowiedzieli zajęciem Kabulu, z którego nowy emir musiał uciekać. Wojna zakończyła się przejęciem władzy przez wnuka Dosta Muhammada, Abd ar-Rahmana, który bronił interesów brytyjskich i ustanowił silny (jak na afgańskie warunki) rząd centralny.