Historia Kościół w Szczeglicach został erygowany przed 1326 rokiem (prawdopodobnie w XII wieku). Według lokalnych podań, na samym początku w miejscu kościoła znajdowała się wczesnogotycka kapliczka, którą postawił jeden z możnych, w podziękowaniu za uratowanie życia przed bandytami. Z czasem wokół kapliczki zaczęto dokonywać pochówku zmarłych.
W 1326 roku proboszczem parafii był Olesław. Około 1380 r. Jan Grot kantor krakowski rozbudował dotychczasową świątynię przez dodanie nawy. Kościół wzniesiono z kamienia wapiennego, wzmacniając jego konstrukcję przez skarpy boczne w tyle prezbiterium. Biskup T. Oborski z Krakowa uroczyście poświęcił kościół 22 lipca 1633 r. Na pamiątkę tego wydarzenia w prezbiterium wmurowana została płyta, z napisem z roku 1638.
Wieś w XV w. nosiła nazwę Sczeglycze. Według Jana Długosza w połowie XV wieku dziedzicem Szczeglic był Jakub Jugoszowski herbu Habank. Wieś miała wówczas 7 łanów kmiecych, 2 karczmy i 2 zagrodników. Dziesięcinę konopną i snopową przekazywano z nich na przemian kościołowi w Szczeglicach i w Ujeździe. Folwark rycerski przekazywał dziesięcinę plebanowi w Szczeglicach. Pleban posiadał folwark z łąką, karczmę z rolą i zagrodę z rolą.