W późniejszym okresie wieś przechodziła w ręce kolejnych rodów, w tym Pieniążków i Wilkoszewskich.
W 1351 erygowano tu parafię przy istniejącym już wcześniej kościele pw. św. Mikołaja. Parafia ta do XIX w. nosiła wezwanie św. Mikołaja i św. AnnyP. Skoczek, s. 23..
W latach 1850–1862 Skrzydlna była siedzibą niewielkiego powiatu, zwanego bezirkiem.
5 września 1939 niemiecki oddział specjalny zamordował we wsi 9 mieszkańcówJózef Fajkowski, Jan Religa: Zbrodnie hitlerowskie na wsi polskiej 1939-1945. Warszawa: Wydawnictwo Książka i Wiedza, 1981, s. 238. W czasie okupacji hitlerowskiej 20 sierpnia 1944 miała miejsce pacyfikacja, której ofiarą padli mieszkańcy Skrzydlnej mieszkający pod Śnieżnicą. Oddział SS zamordował 23 osoby i spalił 13 zabudowań. Miał to być odwet za opór zbrojny, który stawili okupantom.
Do 1954 wieś była siedzibą gminy Skrzydlna, a do 1972 gromady Skrzydlna. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa nowosądeckiego.
W miejscowości jest przystanek kolejowy Skrzydlna.