zdobyła swój pierwszy tytuł mistrzowski. Trenerem, organizatorem i menedżerem był wtedy Richard Kohn. Bayern stał się popularny w Niemczech. Wybuch II wojny światowej odwrócił jednak uwagę od piłki nożnej.
1945–1967 Po wojnie niemiecka piłka wymagała rekonstrukcji i odbudowy. W 1954 drużyna narodowa pod wodzą Seppa Herbergera zdobyła swój pierwszy tytuł mistrza świata, dość niespodziewanie pokonując w finale Węgry 3:2. W kadrze grał wtedy kapitan Bayernu Jakob Streitle, ale finał przesiedział na ławce rezerwowych, patrząc jak Fritz Walter i reszta drużyny pokonuje zespół węgierski. Minęło jeszcze trochę czasu, zanim w drużynie narodowej czołowe miejsca zajęli piłkarze Bayernu. Sytuacja nie zmienia się nawet po zdobyciu przez monachijską drużynę Pucharu Niemiec w 1957 r. Następnie nastąpił okres bez sukcesów. Wielki zawód spotkał Bawarczyków, kiedy nie zostali dopuszczeni w 1963 do nowo powstałej Bundesligi. Ale już po dwóch latach Bayern pod wodzą Tschika Cajkovskiego wkroczył w okres dobrobytu, w którym rozwinęły się talenty takich graczy, jak Franz Beckenbauer, Sepp Maier czy Gerd Müller. Pierwszy sezon w Bundeslidze Bawarczycy zakończyli na trzecim miejscu. Beckenbauer i Maier trafili do drużyny narodowej, która wywalczyła srebro na Mistrzostwach Świata w 1966. W 1967 Bayern zdobył swój pierwszy tytuł w Europie.