Zrezygnowano z budowy drugiego pietra nad częścią mieszczącą główne wejście oraz z wykonania niektórych otworów okiennych.
19 października 1906 władze miasta zawarły z gminą żydowską umowę o bezpłatnym przekazaniu na rzecz gminy gruntu wokół Starej Synagogi, jednakże pod warunkiem przeprowadzenia jego restauracji. W 1907 obniżono teren wokół synagogi od strony placu Bawół, ulicy Józefa oraz ulicy Dajwór do poziomu z XVI lub XVIII w. Przedsięwzięcie to zrealizowano na podstawie przedłożonego w Magistracie Krakowskim w 1904 projektu Zygmunta Hendla. Aby zniwelować różnice, jakie nastąpiły w wyniku obniżenia poziomu gruntu pogłębionego o około 1,4 metra, Hendel zaprojektował od strony południowo-zachodniej synagogi kute ogrodzenie. W tym okresie wymieniono również w znacznym procencie substancję murów magistralnych i przylegających do budynku synagogi przypór. W trzeciej ćwierci 1909 ukończono budowę kanalizacji.