Ustanowiono natomiast mieszane polsko-pruskie sądy do rozstrzygania spraw, które mogły zostać wytoczone księciu w Prusach, lub też apelacji od werdyktów, jakie wydawały sądy księcia. Traktat krakowski był pierwszą umową o charakterze międzypaństwowym pomiędzy władcą katolickim a protestanckim w EuropieKalendarium dziejów Polski, WL, Kraków 2000, ..
Sytuacja przed hołdem thumb|Albrecht Hohenzollern jako wielki mistrz w 1522 roku Zanim doszło do złożenia hołdu, obie strony przez wiele lat przygotowywały polityczne jak i ideologiczne podstawy do zawarcia traktatu krakowskiego. Albrecht Hohenzollern już w 1523 roku spotkał się z Marcinem Lutrem, który przekonał go do porzucenia sprzecznych według niego z naturą i Biblią reguł zakonnych i utworzył na terenie państwa zakonnego świeckie państwo z luterańskim władcą na czele.